Permohonan ijin operasional Universitas Satya Negara Indonesia (USNI) dilakukan oleh Badan Pengurus Yayasan Abdi Karya/Badan Penyelenggara USNI kepada Bapak Menteri Pendidikan dan Kebudayaan melalui Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No.0284/0/1989 tentang pemberian Status Terdaftar kepada Fakultas/Jurusan/Program Studi di lingkungan Universitas Satya Negara Indonesia di Jakarta, maka USNI resmi berdiri dengan Status Terdaftar. Selama operasional dengan Status Terdaftar, Badan Pengurus Yayasan Abdi Karya/Badan Penyelenggara USNI bersama-sama dengan Pimpinan USNI melakukan penyempurnaan dan pengembangan di bidang akademik dan administrasi yaitu dengan meningkatkan kualitas sumberdaya manusia terutama para tenaga akademik/tenaga pengajar (dosen).

Rektor USNI yang pertama, periode 1989-1993 adalah Prof. Dr. Sondang P. Siagian, dan dilanjutkan oleh Dj. L. Aroean, S.H. (Sekretaris Dewan Penyantun USNI ) sebagai pejabat sementara Rektor yang berlangsung dalam beberapa bulan pada tahun 1993 sampai dengan tanggal 11 Pebruari 1994. Pada tanggal 11 Pebruari 1994, Ketua BP Yadika/Badan Penyelenggara USNI, DR. Raja D. Lungguk Sitorus melantik Rektor USNI yang baru yaitu Prof. Dr. W.P. Napitupulu. Selanjutnya pada tanggal 21 Nopember 2000, Ketua BP Yadika/Badan Penyelenggara USNI melantik Pjs. Rektor USNI yaitu Antonius Pasaribu, MBA menggantikan rektor sebelumnya.

Selanjutnya terhitung 1 April 2007, dikukuhkan Dr. Andreas Yumarma sebagai Rektor periode 2007-2011. Pada tanggal 1 April 2009 dilantik Prof. Dr. Lijan P. Sinambela untuk meneruskan jabatan Rektor Periode 2009-2011, dan pada tanggal 1 April 2011 yang bersangkutan dikukuhkan kembali menjadi Rektor periode 2011-2015.

Selain peningkatan kualitas sumberdaya manusia, juga dilaksanakan pengembangan sarana dan prasarana yaitu dengan menambah dan melengkapi peralatan laboratorium, penambahan buku-buku wajib dan referensi di Perpustakaan dan sarana-sarana lainnya yang menunjang kegiatan perkuliahan. Dari hasil usaha peningkatan dan pengembangan di atas, Badan Penyelenggara Universitas Satya Negara Indonesia mengajukan permohonan kepada Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan untuk meningkatkan Status Terdaftar menjadi Status Diakui, kemudian Disamakan. Pada saat ini semua Program Studi yang ada di USNI sudah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Republik Indonesia, termasuk Universitas Satya Negara Indonesia sudah memperoleh Akreditasi Institusi, dengan hasil baik.